Управление общеобразовательной организацией строится на принципах единоначалия. Административные обязанности распределены согласно Уставу ОО, штатному расписанию, четко распределены функциональные обязанности согласно квалификационным характеристикам. 

Управление осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом гимназии является его руководитель (директор), который назначается на должность митрополитом Оренбургским и Саракташским. Директор осуществляет текущее руководство гимназией. Его компетенция, условия деятельности и ответственность определяются уставом гимназии.

В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления гимназией  и при принятии локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников создан «Родительский совет».

Система управления гимназией соответствует нормативной и организационно-распорядительной документации, действующему законодательству и уставу и обеспечивает эффективную реализацию образовательных программ.